經續會後，財政部積極研擬「能源稅條例」草案，預定明年開徵，卻引起民意代表、工商業者及經濟部的強烈反彈。日前行政院召開財經部會協商，仍是意見分歧，最後決定各方意見以書面方式交財政部彙整與修正，預計10月底前完成行政院版本的能源稅條例，與立法委員連署版本併案審查。此一「嶄新」的稅制，對節約能源、環境維護、產業及經濟發展、財政收支與稅制改革均有深遠影響，所涉層面及問題複雜，若未能妥為規劃即倉促立法，恐未見其利先蒙其弊。
頭一個問題，三年多前行政院「財政改革方案」，決定修正貨物稅條例，取消對橡膠輪胎、飲料品、平板玻璃及電器類之貨物稅；並研擬將現行貨物稅中油氣類、車輛及水泥類貨物稅角色，轉變成符合環境保護、節約能源、國民健康維護的綠色租稅。財政部擬議中的能源稅條例草案，則除了仍一舉取消前面四項貨物稅外，並將現行油氣類貨物稅及汽燃費等納入課徵；屆時貨物稅僅剩下車輛類及水泥類兩大類。雖然能源稅的立法有助於貨物稅改革，但已屬特種銷售稅性質的貨物稅，其與能源稅間屬於何種關係仍應釐清。由於能源稅法已非單純基於財政及稅收考量，而是賦予特定政策任務，故開宗明義應將立法目的明白宣示。
其次，透過價格機能及外部性矯正，以期降低汙染、節約能源，促進產業結構調整，建構永續發展社會，乃開徵能源稅的宗旨。然而現行能源價格存在兩層扭曲：一為能源價格未能合理反映成本，一為外部成本未能內化矯正，而前者更是後者的基礎。目前國內汽油價格遠較國際偏低，油品價格仍多少受到政府管制，石化能源產業又享有各種補貼及獎勵優惠，以致造成產業結構扭曲，能源使用效率偏低、過度消費與汙染的現象。經濟部強烈主張能源價格必須合理化後才實施能源稅；此緩兵之計，雖有其立論根據，然而經濟部正是造成第一層價格扭曲的幫手，能源政策的擬定，中油、台電等事業價格及管制，經濟部又豈能撇清關係？因此，經濟部應加快腳步提出能源價格自由化、合理化的時間表，不要成為改革的絆腳石。能源價格一旦合理化，足以反映私經濟成本，再將外部成本含納，矯正市場失靈現象，方能事半功倍。
第三，財政部擬議方案中，十年內逐年調高能源稅負，例如將汽油及柴油每年從量提高1元稅額等，估計第十年能源稅收約增加3,650億元，而逾5,000億元，成為僅次於所得稅的大稅，恐有過度膨脹之嫌。北歐國家自1990年前後實施能源稅以來，其稅收僅占總稅收的10%左右。故爾此種未充分考慮課稅與經濟互動關係的直線式外延估計，其可信度令人存疑。而在產業全球移動、用腳投票的時代，課稅造成生產成本提高、衝擊產業競爭力，甚至將企業趕走，造成失業增加，絕不可掉以輕心。因此，各項油品課稅的幅度及時程安排，對產業、物價及稅收的影響，應結合產業關聯與總體經濟分析，做更仔細的實證與模擬，以期在實施初期能夠降低不利衝擊，長期又能達到汙染防治、產業結構合理化的目的。
第四，在能源稅課徵方式上，一般採取從量徵收，以發揮抑制消費、降低汙染的功能，卻會產生稅負累退性；從價徵收具有量能課稅的功能，卻又減弱與汙染量間的關係；若採取從價、從量複合稅制，是否增加複雜度，須深入權衡。而在稅收用途上，一般採統收統支，是否有些仍須專款專用，如何在各行政部門間及上下級政府間進行分配，其利弊得失均須評估，供立法審議參考，以免未來造成許多不必要的爭執，徒增社會成本。
最後，能源稅有一誘人的訴求：就是透過課稅以矯正外部性，同時稅收的增加可用以改善財政，降低所得稅稅率，提高薪資所得特別扣除額等，增加工作誘因，產生雙重紅利效果。然而此效果能否實現，仍有疑慮。經濟部能源局即指出，開徵能源稅使得油價上升30%，電價上升13%；因而若造成物價大幅上升，實質工資及購買力大幅降低，相當於對所得課稅，反而抵銷所得稅調降所產生的好處，又如何實現「雙重紅利」？凡此問題皆須審慎綢繆。
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